Pada Hari Selasa tanggal 2 Juli 2013 SMK Muhammadiyah Pakem menerima sertifikat ISO dari PT. TUV Rheinland Indonesia yang bertempat di Aula SMK Muhammadiyah Pakem. Acara tersebut di hadiri oleh Bupati Sleman Drs.H. Sri Purnomo,Msi mengatakan dengan di terimanya sertifikat ISO ini diharapkan SMK Muhammadiyah Pakem harus menjadi langkah awal dalam mewujudkan manajemen sekolah dengan standar yang lebih baik.

Berdasarkan peraturan Pemerintah No 19 tahun 2005 tentang standar Nasional Pendidikan (SNP) Pasal 2 ayat 1 disebutkan bahwa: lingkup standar Nasional Pendidikan yang harus di penuhi dan dikembangkan oleh sekolah meliputi delapan standar, yakni standar isi, standar proses, standar kelulusan, standar sarana prasarana, standar pendidikan, standar tenaga kependidikan, standar pengelolahan, standar penilaian, dan standar pembiyayaan.Sebagai sekolah baru dengan standar manajemen mutu ISO 9001:2008 memiliki tugas dan tantangan yang menarik untuk merealisasikan delapan standar nasional tersebut. Diterimanya Sertifikat ISO ini merupakan bukti pengakuan atas kualitas SMK Muhammadiyah Pakem agar seluruh keluarga SMK Muhammadiyah Pakem tidak berpuas diri dan terlena. Penyerahan sertifikat ISO ini juga memiliki konsekuensi kepada SMK Muhammadiyah Pakem, yaitu terus mempertahankan konsitensi kualitasnya, baik di dalam sistim dan proses pembelajarannya maupun tata kelola sebagai sebuah organisasi sekolah. Oleh karena itu guru dan pembina sekolah harus mendidik siswa sehingga memiliki kopetensi dan profesionalisme di bidangnya masing-masing. Lebih lanjut Bupati Sleman memberikan apresiasi yang setinggi-tingginya kepada SMK Muhammadiyah 1 Moyudan yang telah memberikan bimbingan dan pendampingan kepada SMK Muhammadiyah Pakem sehingga mampu memperoleh sertifikat ISO dan bagi SMK Muhammadiyah Pakem prestasi ini menjadi sangat membanggakan karena itu mampu memperoleh sertifikat ISO dengan biaya mandiri tanpa bantuan dari Pemerintah.

Dalam kesempatan tersebut Kepala Sekolah SMK Muhammadiyah Pakem Drs. Muhadi Tuante mengucapkan terimakasi atas bantuannya dari semuah pihak sehingga bisa diterimanya ISO 9001:2008 sehingga akan menambah kualitas mutu pendidikan di SMK Muhammadiyah Pakem ini dan sehingga mampu .bersaing. Selanjutnya direktur PT. TUV Rheiland Indonesia Cornelius Tono Enfantrianto memberikan apresiasi bahwa SMK Muhammadiyah Pakem dapat menjadi pilot atas kemadiriannya untuk memperoleh sertifikat ISO 9001-2008.

Setelah memperoleh Sertifikat ISO 9001-2008, mempertahankan itu lebih sulit dari pada mendapatkannya, jadi konsistensi dari penerapan ISO ini sangat di butuhkan dan tentunya didukung oleh komitmen dari seluruh warga SMK Muhammadiyah Pakem ini . Dirut PT. TUV mengingatkan bahwa pencapaian ini bukan menjadi tujuan akhir tapi masih harus berupaya mencapai yang jauh kedepan, dan mengucapkan selamat atas pencapaian sistem manajemen mutu ini diharapkan bahwa SMK Muhammadyah Pakem ini semakin mantap sebagai insitusi, memberikan pelayanan yang terbaik untuk siswa hingga pada akhirnya nanti para tamatan bisa menapaki kehidupan yang mendatang dengan lebih baik.