Hari Sabtu, 23 Pebruari 2013 SMK Muhammadiyah Mlati menerima Serifikat ISO 9001-2008 dari PT TUV Rheinland sebagai sekolah yang sudah menerapkan sistem ISO.
Kepala SMK Muhammadiyah Mlati Drs. Suharso, MPSA mengatakan bahwa ISO merupakan hasil kerja keras serta perjuangan yang dilakukan para guru sejak tahun 2012 laulu. Kepercayaan yang diberikan ini merupakan jawaban dari tantangan dunia pendidikan modern dimana perhatian publik menjadi kunci utamanya. Ini menjadi tanggung jawab besar yang harus kami laksanakan untuk terus mengembangkan sumberdaya guru maupun siswanya. Maka yang diterapkan di sekolah ini diharapkan bisa memberi dampak positif besar bagi semua pihak. Karena dengan menerapkan itu sekolah dapat memeriksa kesesuaian secara independen, memastikan sistem manajemen mutu yang efektif, serta memperbaiki image organisasi agar lebih dikenal secara nasional maupun internasional.
Dalam penyerahan sertifikat ISO ini PT TUV Rheinland kepada Bupati Drs. H Sri Purnomo, Msi selanjutnya diserahkan kepada Kepala SMK Muhammadiyah Mlati Drs. Suharso, MPSA.