Hari Sabtu, 1 September 2012 SMK Muhammadiyah Prambanan menerima Serifikat ISO 9001-2008 dari PT TUV Rheinland sebagai sekolah yang sudah menerapkan sistem ISO, peneyerahan Sertifikat ini bersamaan dengan Syawalan dengan hikmah syawal oleh Drs. H Untung Cahyono, Mhum.

Kepala SKM Muhammadiyah Prambanan Drs. Anton Subiyantoro, MM mengatakan bahwa ISO yang diterapkan di sekolah ini diharapkan bisa memberi dampak positif bagi semua pihak. Karena dengan menerapkan itu sekolah dapat memeriksa kesesuaian secara independen, memastikan sistem manajemen mutu yang efektif, serta memperbaiki image organisasi agar lebih dikenal secara nasional maupun internasional.

Dalam penyerahan sertifikat ISO ini PT TUV Rheinland oleh Cornelis kepada Bupati Drs. H Sri Purnomo, MSI selanjutnya diserahkan kepada Kepala SMK Muhammadiyah Prambanan Drs. Anton Subiyantoro, MM.

Sambutan Bupati Drs. H Sri Purnomo, MSI, bahwa SMK Muhammadiyah Prambanan ini yang telah berupaya secara maksimal secara total yang didukung oleh wali murid dan tentu saja anak-anak semuanya, sehingga apa yang kita cita-citakan bersama beberapa waktu yang lalu harapannya SMK Muhammadiyah Prambanan segera punya sertifikat dari ISO 9001 versi 2008. Dan saat inilah yang bertepatan bulan syawal yang artinya peningkatan maka SMK Muhammadiyah Prambanan benar-benar meningkat kualitasnya dengan mendapatkan pengakuan sertifikat berupa ISO 9001 versi 2008.

Serifikasi yang diterima SMK Muhammadiyah Prambanan menambah jumlah SMK yang telah berstandar ISO yaitu menjadi 10 SMK. Diharapkan dengan telah diterimanya sertifikat tersebut, disampaikan kepada Kepala SMK Muhammdiyah Prambanan bahwa ini awal dari berhasilan dan harus ditunjukkan bahwa SMK Muh Prambanan pantas mendapakan sertifikat tersebut. Salah satu upaya untuk membuktikannya yaitu dengan proses kegiatan belajar mengajar yang ada di SMK Muhammadiyah Prambanan ini, kemudian dengan cara pelayanan dalam dunia pendidikan sekaligus nanti outputnya juga diharapkan anak-anak yang sudah lulus dari SMK Muhammadiyah Prambanan ini tidak hanya sekedar mencari pekerjaan, yang diharapkan para lulusan SMK ini dapat pekerjaan yang kualifikasinya terpenuhi.